Gıda üretiminin temeli olan tarımsal faaliyetler toprakta gerçekleştirilmektedir. Toprak çok çeşitli mikroorganizmaları barındıran ve uzun sürelerde oluşan bir ekosistemdir. Son 60 yıldır kimyasal gübre uygulamaları neticesinde birçok olumsuz yan etki ortaya çıkmıştır. Toprakların aşırı yüklenmesi ile ‘yorulması’, verimlilik azalması, toprak, su ve hava kirliliği bu ‘Yeşil Devrim’in istenmeyen etkileridir.
Bazı toprak mikroorganizmaları bitki kökleri üzerinde yerleşir ve çoğalırlar. Bu mikroorganizmalar bitki köklerinde barınmalarına karşılık olarak bitkiye çeşitli faydalar sağlarlar. Bu doğal karşılıklı kazanım stratejisi bir simbiyozdur. Monokültürler, zirai ilaçlar, kimyasal gübreler gibi etkenler sonucunda doğal denge bozulmakta ve toprakta bitkileri güçlendiren mikroorganizmaların sayıları azalmaktadır. Mikrobiyal gübreleme bu doğal mikroorganizmaların çoğaltılarak uygun bir formülasyonda bitkilere verilmesidir.